Bandar Udara di Kupang, Nusa Tenggara Timur adalah Bandara El Tari. Maskapai Penerbangan yang beroperasi disini ada beberapa maskapai seperti   Garuda Indonesia Air Ways, Lion Air, Batavia Air, Sriwijaya Air, Mandala Air, Trigana Air dan Merpati Nusantara Airline. Namun yang sering diandalkan untuk bepergian ke kota-kota kecil di sekitar kota Kupang adalah Trigana Air dan Merpati Nusantara Airline.