Pulau Timor dengan Ibukota Kupang telah dikunjungi  secara rutin oleh para pedagang dari Portugis sekitar tahun 1518 sampai tahun 1550-an. Sekitar tahun 1556 Pater Taveirea, seorang Ordinis Praedicatorum  konon telah membaptiskan kurang lebih 5.000 orang di Pulau Timor. Tahun 1522 sisa Armada Ferdinand Magellan menyinggahi Alor dan Timor (Kupang).
Hubungan dan karya Portugis yang paling menonjol di Kupang terjadi pada tahun 1640-an, ketika Pater Antonio de Sau Jacinto mengemban misinya di daerah ini. Jacinto berhasil menjalin kerjasama yang baik dengan raja Kupang (raja Helong), yang telah dibaptiskan dengan nama Don Duarte, sedangkan permasurinya dibaptiskan dengan nama Dona Maria. Jalinan kerjasama yang baik tersebut melahirkan kontrak tertanggal 29 Desember 1645 yang isinya antara lain : Jacinto diperbolehkan mendirikan sebuah gereja dan sebuah benteng, dan kapal-kapal bangsa lain tidak diperbolehkan memasuki pelabuhan Kupang.


Setelah Portugis, VOC datang menguasai Kupang. VOC menduduki Kupang pada tahun 1653. Saat itu Kupang mulai dijadikan sebagai pangkalan/basis perdagangan dan kegiatan mengenai sistem pemerintahan VOC/Belanda. Tidak terdapat petunjuk yang jelas mengenai sistem pemerintahan VOC/Belanda pada waktu itu. Yang dapat diketahui dari berbagai referensi hanyalah pangkat, kedudukan, atau jabatan para pegawai VOC/Belanda. Pejabat tinggi yang berkedudukan di Kupang untuk melaksanakan misi VOC dibidang perdagangan dan politik pemerintahan wilayah disebut Opperhoofd.
Pada tahun 1653 sampai dengan tahun 1756 Belanda banyak melakukan pemerasan dan perbudakan dari setiap kerajaan yang ditundukkannya. Dari kerajaan-kerajaan sekitar Kupang (kerajaan Kupang atau Helong, Ambai, Sonabai-Kecil, dan Amarasi). Belanda lebih banyak melakukan pemaksaan pengambilan rakyat yang dijadikan budak untuk diperdagangkan dan dijadikan tenaga kerja bagi kepentingan para penguasa Belanda.

VOC/Belanda memerintah mulai dari tahun itu hingga tahun 1942. Pada waktu VOC dibubarkan pada tahun 1799 , segala hak dan kewajibannya di Indonesia diambil alih oleh Pemerintah Belanda.
Peralihan ini tidak membawa per-baikan apa-apa, karena pada waktu itu Belanda menghadapi perang yang dilancarkan oleh negara-negara tetangganya. Pada waktu itu Belanda dikuasai oleh pemerintah boneka dari kekaisaran Perancis di bawah Kaisar Napoleon. Keadaan ini dimanfaatkan oleh Inggris untuk memperluas daerah jajahannya dan merebut jajahan Belanda. Akibatnya sejak tahun 1811 sampai dengan tahun 1816, Kupang berada pada pemerintah peralihan Inggris. Kemudian setelah tercapai konvensi London pada tahun 1814 dan pemerintahan Belanda di Kupang dipulihkan tahun 1816, maka sejak itu VOC/Belanda berkuasa sampai dengan tahun 1942.

Pecahnya “Perang Asia Timur Raya” membuat serangan Jepang ke Indonesia tidak saja diarahkan ke tempat-tempat di wilayah Indonesia bagian Barat, tetapi juga ke daerah – daerah tertentu di wilayah Indonesia bagian Timur, yang dipandang strategis dalam peta peperangan melawan tentara sekutu pada waktu itu. Berdasarkan perhitungan stra-tegis itulah, Ambon dan Kupang diserang dan diduduki. Ambon jatuh ketangan Jepang pada akhir Januari 1942, sedangkan Kupang menga-lami serangan gencar pada tanggal 20 sampai 24 Februari 1942. Sete-lah Jepang mengalahkan Belanda yang didukung pasukan sekutu pada tanggal 24 Februari 1942, maka berakhirlah pendudukan Belanda di Kupang. Ketika menduduki Kupang, setiap hari tentara Jepang memasuki rumah penduduk secara paksa untuk melakukan penggeledahan mencari orang Belanda dan anggota pasu-kan sekutu yang diduga bersem-bunyi di rumah penduduk. Selama pendudukan Jepang di Kupang, penduduk selalu diliputi kecemasan, karena sepak terjang tentara Jepang yang kejam , bahkan pada tahun 1944 Jepang menghen-tikan sama sekali penyaluran bahan makanan kepada penduduk. Akibat- nya rakyat mulai melarat dan bencana kelaparan mulai terjadi. Setelah Jepang menyerah pada tentara sekutu pada tanggal 11 Agustus 1945 yang diikuti dengan kehadiran tentara sekutu di Kupang pada tanggal 11 september 1945 di bawah komando Sir Thomas Blamey untuk melucuti senjata dan menawan tentara Jepang, maka berakhirlah masa pendudukan Jepang di Kupang.

Sumber : http://www.kab-kupang.go.id/sejarah.htm